Os primeiros franciscanos terão chegado a Évora em 1224, vindos da Galiza. Do primitivo convento apenas restam vestígios da igreja gótica e uma parte do claustro, edificado em 1376. O interesse dos reis em instalar o Paço em Évora, numa parte do convento, trouxe como contrapartida a reedificação de uma nova igreja sobre a antiga, de modo a conferir-lhe a dignidade e beleza consentâneas com o palácio real. Começadas as obras com D. Afonso V, tiveram especial desenvolvimento com D. João II, até alcançarem com D. Manuel a magnificência arquitectónica e artística.
Conhecido no século XVI como o Convento de Ouro, foi difícil manter tais prerrogativas com o abandono do Paço até que Filipe II acabou por entregá-lo aos religiosos. A partir de meados do século XVII a Ordem Terceira da Penitência de São Francisco veio trazer à igreja um forte cunho devocional e artístico pela contratação de consagrados mestres na instalação e decoração da sua Capela e da Casa do Despacho. A extinção das ordens religiosas em 1834 ditou o rápido declínio do edifício conventual.
Mantiveram-se a igreja e a Capela dos Ossos, devido em parte à Ordem Terceira, à intensa devoção popular ao Senhor dos Passos e à passagem da sede da paróquia de São Pedro para a igreja.
Em 1892-95 grande parte do arruinado convento foi vendida em hasta pública ao benemérito eborense Francisco Barahona, que mandou construir as habitações ainda hoje existentes e colaborou generosamente no restauro da igreja e da Capela dos Ossos.
As extensas obras de reabilitação de 2014-2015 devolveram à igreja toda a sua dignidade funcional e patrimonial.
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